《特殊家教》是一部奇幻成长漫画，讲述天才家教老师苏墨拥有特殊能力：他能通过教学进入学生的“心灵教室”，看见他们内心深处的恐惧与渴望。他接受各种疑难家教委托，辅导的问题学生包括重度厌学、自闭、躁郁等，在心灵教室中帮助他们直面心魔。然而苏墨自己的心灵教室深处也藏着一个被遗忘的孩子，他必须在教别人的同时，治愈自己。
苏墨终于走进自己的心灵教室，发现角落里坐着童年的自己，他拥抱那个孩子，解开了多年的心结。
一个不会说话的男孩在心灵教室里画出一片星空，苏墨通过画笔与他对话，最终男孩在现实中说出了第一句话。
富家女用自残威胁父母，苏墨在心灵教室中看到一座牢笼，原来她渴望的不是自由，而是父母的关注。
学生因为考试焦虑进入心灵教室迷路，苏墨带他找到出口，现实中他第一次主动举手回答问题。
苏墨辅导第一个学生时，突然进入一个图书馆般的空间，学生的记忆化作书页，他明白了自己的特殊能力。
一位焦急的母亲深夜找到苏墨，说儿子已经三个月没出门，苏墨接下这个“不可能的任务”。